计算模型与算法研究所成立于1995年。研究所第一任所长为蒋昌俊教授（现为同济大学副董事长）。研究所现有研究人员14人，其中博士生导师3人，教授4人，副教授4人，博士8人，35岁以下研究人员占65%，形成了一支职称结构和年龄结构合理、学历层次高、科研能力强、年轻有活力的研究团队。
研究所成员积极从事科学研究工作，认真学习和领会国家科技发展规划，紧紧围着我国863、973、国家科技支撑计划和国家自然科学基金重点项目等国家重大研究计划项目指南所提出的科学研究热点和难点问题，及时调整研究领域和研究方向，逐步形成了“Petri网理论及应用”、“软件建模与分析”、“信息资源整合与共享”等相对稳定的研究方向，其学术水平在国内外有较好的影响，研究成果得到国内外同行专家的一致好评。
近年来，研究所成员作为负责人承担国家自然科学基金项目13项，国家自然科学基金重点项目子项目3项，国家重点基础研究项目子项目2项，山东优秀青年科学家基金项目1项，山东省科技公关计划项目1项，山东自然科学基金项目6项，煤炭科学基金项目7项，中国科学院基金项目子项目1项。获山东省科技进步奖3项、青岛市青年科技奖1项。
研究所人员近几年发表学术论文300余篇，出版专、编、译著6部。发表学术论文的刊物包括《中国科学》、《科学通报》、《IEEE Transaction on Systems, Man, and Cybernetics》、《Information Sciences》、《Journal of Systems and Software》、《Journal of Computer Science &Technology 》、《Chinese Journal of Electronics》、《计算机学报》、《软件学报》、《自动化学报》、《电子学报》等国内外著名学术刊物，其中有100多篇论文被国际权威索引SCI、EI收录、引摘。